そのため1999年からはチャレンジマッチ（←チャレンジリーグ）を廃止し、浦和レイナスFCの新規参入と、試験的にではあるが大学リーグから日本体育大学女子サッカー部を受け入れを行いチーム数を揃えることとした。東京ヴェルディ1969対清水エスパルスの後座試合として、日テレ・ この退職日はジョン・ リーグ終了後の理事会では翌シーズンから各チームに求めていた運営分担金を3分の1に減らし外国人選手（日本に帰化した選手は除く 2000年に再開されたが、当初は外国人の登録がなかった）を登録しないことなどを決め、規模を縮小して8チームで行うことを決めたが、1999年1月の全日本女子サッカー選手権大会終了後には鈴与清水FCラブリーレディースとシロキFCセレーナが相次いで脱退を表明。監督の投票で選ばれるJ1優秀選手賞を受賞した。経費節減の関係から電光掲示板を使用しなかったり選手名の表示がなかったりではあったが、4月に行われたアテネオリンピック・
『2021明治安田生命J3リーグ 第4節 ガイナーレ鳥取 vs.FC岐阜 開催中止のお知らせ』（プレスリリース）日本プロサッカーリーグ、2021年4月4日。 『Official髭男dism – Pretender［Official Video］』2019年4月16日。 “オリコン 週間ランキング(Traveler) Official髭男dism”. 3年契約の予定を、スポンサーの都合により2年で撤退したことから「なでしこスーパーカップ」が中止になる等、一時的に「メインスポンサー無し」による影響がでたが、開幕直前に株式会社プレナス（plenus）と3年間のトップ・ 2009年はTASAKIペルーレFCの休部による退会とジュ ブリーレ 鹿児島（鹿児島鴨池フットボールクラブアサヒナ改め）の正式加盟により全16チームで運営されることになった。
また、2009年より大韓民国において女子サッカーリーグ「WKリーグ」が発足されたのに伴い、日韓リーグ優勝クラブによる対抗戦「日韓女子リーグチャンピオンシップ」が創設された。 2006年、日本女子サッカーリーグはブライダル産業やレストランなどを展開するモック（moc）を協賛スポンサーに迎え、「mocなでしこリーグ」としてスタートすることになった。 2014年3月、日本女子サッカーリーグは2014年から3年間の計画でクラブ運営や選手のプレー環境向上を目指す構想を始めることにし、その一環として、現在の1部（なでしこリーグ）:10・西日本地域の「プレナス チャレンジリーグ ガンバ ユニフォーム EAST/WEST」（2部リーグ）にリーグ再編された。 アンクラスがスペランツァF.C.高槻を破り、2010年から再編される新たな「なでしこリーグ」に参加する10チームが決定した。 2014年、なでしこリーグの試合方式が変更され、10チーム2回総当たりの予選リーグ「レギュラーシーズン」と、レギュラーシーズンの成績を参考として上位6チームと下位4チームによる順位決定リーグ「エキサイティングシリーズ」の2本立てで行われ、年間優勝はエキサイティングシリーズ上位リーグの1位クラブに与えられる方式を採用。
またこれまで2部リーグは全ての参加チームの中で上位に入ったチームに1部の下位との入れ替え戦出場権を与えたが、2010年度からJリーグの方式に倣って「なでしこリーグ準加盟制度」を開始。公式戦初出場・ ミッション」に「女子サッカーの活性化」が盛り込まれたことなどにより、すべてスタンドのある会場で実施された。 しかしその年のシーズン後、日本体育大学女子サッカー部は有力選手が卒業するなど毎年平均した戦力が整わない事によるレベルの違いなどを理由にわずか1年で撤退し、またOKI FC Windsの解散、プリマハム、松下電器のチームスポンサーから撤退によるクラブチーム化（伊賀フットボールクラブくノ一、スペランツァF.C.高槻）、そしてメインスポンサー（旭国際開発）撤退による宝塚バニーズレディースサッカークラブの市民チーム化があり、企業の撤退によるチーム基盤の弱体化からリーグ全体のレベル低下を招くこととなった。 また福岡県春日市を本拠地とする福岡女学院フットボールクラブのトップチームが福岡J・ アンクラスとしてディビジョン2に加盟し、宝塚バニーズは本拠地を京都府に移して「バニーズ京都サッカークラブ」となった。